Yhteiskunta- ja terveystieteiden ylioppilaat YTY ry:n hallitus päätetään vuosittain järjestettävässä syyskokouksessa. YTY ry:n hallitukseen voi lähteä kuka vain opiskelijavaikuttamisesta ja edunvalvonnasta kiinnostunut opiskelija. Hallitukseen pyritään mahdollisuuksien mukaan valitsemaan hakijoita mahdollisimman monipuolisesti kaikista yhteiskuntatieteiden tiedekunnan ainejärjestöistä, jotta edunvalvonta olisi mahdollisimman tasavertaista, ja jotta kaikki järjestöt olisivat edustettuna YTY ry:n hallituksessa. Jokaisella jäsenjärjestöllä on äänioikeus hallitusaktiivien valinnassa.
YTY ry:n toisessa, eli vuoden 2020 hallituksessa on mukana kaikkiaan kahdeksan jäsentä neljästä eri ainejärjestöstä. Lisäksi hallituksen tukena on kolmihenkinen toimihenkilötiimi. YTY:n kolmas hallitus valittiin syyskokouksessa keskiviikkona 2.12.2020, ja hallitus järjestäytyi ensimmäisessä kokouksessaan tiistaina 8.12.
YTY:n hallitus vuodelle 2022 eli kokonaisuudessaan neljäs hallitus valittiin toimikaudelle syyskokouksessa 29.11.2021. Mukana toiminnassa tällä kaudella tulee olemaan yhdeksän hallituksen varsinaista jäsentä ja neljä toimihenkilöä kaikkiaan viidestä eri ainejärjestöstä.